Uma situação que pode ocorrer no sistema é quando a remessa já foi enviada ao banco e esta confirmada porém o retorno não foi feito e ela é enviado novamente ao banco, então o sistema entende que uma esta confirmada e a outra ele rejeita devido a duplicidade do envio, fazendo com que conste as duas situações ao ler o retorno, Confirmado e Rejeitado!
Como eles aparecem no SysOp?
Acesse Consultas> Remessa.

Os Títulos Rejeitados aparecem na cor rosa na tela:

Clique na lupa para fazer o ajuste:

Na tela do lançamento do boleto, em Data Ocorrência, podemos ver as duas situações, Entrada Rejeitada (na cor rosa) e Entrada Confirmada (na cor azul).
Ao lado, altere a situação para Confirmado:

Pronto, boleto alterado para a situação correta conforme consta no banco!
Com este ajuste eles saem da tela das remessas e não será enviada novamente a mesma remessa!