Para essa questão o tipo de pedido precisa estar faturando por PE.
Quando tiver produto e serviço na mesma venda deverá fazeer uma nota para a venda dos produtos e uma nota para o serviço prestado.
Acesse: Lançamentos> Pedido
Lance os produtos/ serviços no pedido e defina a condição de pagamento, lembrando que precisa ser 2x, para cobrar o valor do serviço separado.
Ajuste o valor do serviço em 1 das parcelas.
Com o pedido fechado clique no botão NF-e e transmita a nota.
Após isso, volte no pedido e clique no botão NFS-e e emita nota de serviço.