Acesse o cadastro do seu cliente, na aba pendências, localize a parcela na forma duplicata, com juros, que deseja baixar parcialmente e marque seu checkbox:

Clique em Reneg:

Selecione a Condição de Pagamento e clique em Confirma:
Atenção: Não altere valor nesta tela!

Atualizará a data da parcela para hoje, clique no botão Dia para visualizar o título renegociado e clique na lupa para abrir:

Adicione o valor que esta recebendo e clique no botão Pago:
Marque SIM na Pergunta se deseja gerar diferença!
Atenção: Altere a forma de pagamento caso desejar!

Observe que o sistema mantém o valor que ainda falta receber e no campo Descrição, terá informações sobre a renegociação:
Atenção: Altere a forma de pagamento para Duplicata, para que possa continuar cobrando juros por atraso!

O valor recebido irá para o Histórico de Pagamento do cliente e o restante com juros ficará nas Pendências para as próximas baixas!