Para utilizar o FTP ou SFTP é necessário utilizar o programa FileZilla, e você pode baixar, clicando abaixo.
No lado esquerdo percorra os arquivos até encontrar a imagem salva no seu computador que será o logo do e-mail.
O nome da imagem deve estar no padrão “cnpj.png“.
No lado direito em Endereço Remoto coloque /public_html/mail .
Seleciona a imagem do logo do lado esquerdo, e com o botão direito do mouse marque Upload: